隨著農(nóng)業(yè)部對養(yǎng)殖廢棄物資源化利用的重視，發(fā)酵制作有機肥已經(jīng)越來越受到重視。雖然有機肥可以自然發(fā)酵，但發(fā)酵時間比較長（一般需要1-3個月，主要是發(fā)酵溫度較低）采用發(fā)酵劑則可以大幅度縮短發(fā)酵時間，且發(fā)酵的質(zhì)量更好，這就是為什么有機肥生產(chǎn)線設(shè)備一定要使用業(yè)發(fā)酵劑的原因，發(fā)酵時間的縮短與減少翻堆次數(shù)，直接節(jié)約大量場地與人工。

 國內(nèi)大多數(shù)有機肥料只堆肥發(fā)酵15-20天，這樣的產(chǎn)品只能達到無害化標(biāo)準(zhǔn)。而達到標(biāo)準(zhǔn)的有機肥料堆肥發(fā)酵過程一般需要45-60天的時間。

這是因為在堆肥前期的升溫階段以及溫階段會殺死植物致病病原菌、蟲卵、雜草籽等有害微生物，但此過程中微生物的主要作用是新陳代謝、繁殖，而只產(chǎn)生很少量的代謝產(chǎn)物，并且這些代謝產(chǎn)物不穩(wěn)定也不易被植物吸收。

到后期的降溫期，微生物才會進行有機物的腐殖質(zhì)化，并在此過程中產(chǎn)生大量有益于植物生長吸收的代謝產(chǎn)物，這個過程需要45-60天。

經(jīng)此過程的堆肥可以達到三個目的，一是無害化、二是腐殖質(zhì)化、三是產(chǎn)生大量微生物代謝產(chǎn)物如各種抗生素、蛋白類物質(zhì)等。

有機肥的發(fā)酵過程實際上就是各種微生物新陳代謝，繁殖的過程，微生物的新陳代謝過程即有機物分解的過程。